A la muerte de Kircher, los jesuitas encomendaron al padre Filippo Bonanni (1638-1735) su reorganización
e ilustración. En 1709 publicó un catálogo del Museo: Musaeum Kircherianum sive Musaeum a P. Athanasio Kirchero In Collegio Romano Societatis Iesu iam pridem incoeptum Nuper restitutum, auctum, descriptum, et Iconibus illustratum. (Roma, 1709, 522 pág, 171 láminas). Con la supresión de la Compañía de Jesús en 1773, las piezas del Museo fueron dispersadas. Aunque tras la restauración hubo un intento de agruparlas, la incautación por parte del Gobierno italiano en 1870 acabó con el Musaeum. Los restos del mismo se integraron en 1913, parte de ellos en el Museo Paleoetnográfico del Museo de Roma, y otros en los fondos del Museo Nazionale de Castel Sant´Angelo.
Athanasius Kircher . El Geocosmos .