El estudio de la música y la acústica también forma parte de la producción kircheriana.

Su producción, de la que destacan dos obras relacionadas con el tema, la Musurgia universalis y la Phonurgia nova intenta la unión del concepto clásico de la música iniciado por Boecio en el siglo V en su libro De institutione musica con un concepto de música más humanizado, que afectaría directamente a lo sensitivo y con una importante influencia pitagórica. La teoría musical de Kircher, como la de la mayoría de los contemporáneos está fuertemente influenciada por la teoría de las sensaciones, -germen de la ópera-, las matemáticas y en definitiva, de la obra divina plasmada a través de unas creaciones matemáticamente perfectas. Parte destacada de la obra es también la inclusión de megáfonos, artilugios espías, estatuas parlantes y en general instrumentos musicales mecánicos como la "arca musaritmética", que podría haber influido de una manera notable en la rara obra de Domingo Martínez de Presa, Fuerza del ingenio humano y inventiva suya: relacion breve de instrumentos ingeniosos y mouimientos particulares (Madrid, 1662).

Athanasius Kircher . La Ciencia del Siglo XVII .